2015年12月

Snow Day
Snow Day / Kansas Poetry (Patrick)

今年最後のエントリーです。
今年は皆様にとってどんな一年だったでしょうか?
日本の科学界においては、大村、梶田両先生のノーベル賞受賞など比較的明るいニュースが多かったように思います。
一方で、トップ10%論文数のシェアは中国に追い抜かれて久しく、また、そのシェア低下が止まらない状況が続いています。
http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/kihon5/1kai/siryo6-2-4.pdf
また、算定方法が変更になったとはいえ、THE(Times Higher Education)の世界大学ランキングでも前年に比べて大きく順位を落とすなど、日本の科学技術力は低下傾向にあると言えるでしょう。

その原因の一つには、国の厳しい財政を反映して、大学への運営費交付金や科学技術関連の予算は伸び悩みや減少があるのは間違いありません。

こうした厳しい環境のもとで、国の競争的資金も選択と集中がますます進み、AIやビッグデータ、IoTなどの政策的な重点分野や拠点形成に多額の研究費が投入れる一方で、トレンドから外れた基礎研究や研究開発にはなかなかお金が回らない状況です。
来年度は第5期科学技術基本計画に移行しますが、その傾向は大きくは変わらないでしょう。
決して容易な状況ではありませんが、「至誠天に通ず」という大村先生の座右の銘にあるように、ベストを尽くし続けるしかないのでしょう。


今年も拙ブログをご覧頂き、ありがとうございました。
来年もお暇の時にのぞきに来て頂けると幸いです。

良いお年をお迎えください。

Lablogue管理人 MO

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今年もThe Scientists誌からThe Scientists Top 10 Innovations 2015発表されました。これは、この一年間に発売されたライフサイエンス分野の計測分析技術・機器の中から、最もイノベーティブな製品を専門家が選出するものです。


今年のランキングは1位から3位までが次世代シーケンサー関連の装置・プラットフォームによって占められています。また、ここ1,2年ブレイクしているCRISPR/Cas9関連の技術2製品が選ばれ(4位、6位)ており、これらの分野を中心にイノベーションが起きていることが窺えます。

 

今年のランキングにおいて、個人的に注目しているのはプラットフォーム化された製品の台頭です。試薬や試料調製の段階からデータ解析までを一貫して統合し、データの解析や蓄積、ユーザー間でのデータ参照や対照を容易にしたプラットフォームとして販売されている製品が4つもランクインしています(1位、2位、7位、8位の製品)。

近年は、こうしたプラットフォーム化が進んでおり、プラットフォームによるデファクトスタンダードの確立が重要な企業戦略になっています。このプラットフォームというものは、ユーザーフレンドリーで、実験がプラットフォームで完結するために、ユーザーにとっては利便性が大きいものの、ユーザーの囲い込みに他ならず、デメリットも潜在していることを認識しておくべきでしょう。

また、今年も残念ながら日本発の製品がランクインしていないのは、少々寂しいところです。

 


それでは、今年のトップ10を簡単に紹介していきましょう。


1GemCodePlatform  メーカー 10X Genomics

今年の1位に選出されたのは、ショートリードの次世代シーケンサーが比較的苦手としている多型やハプロタイプ解析を効率的に可能にする前処理装置です。10100 kbのゲノムDNA断片を油滴に取り込み、タグ配列を付加しながらさらに断片化します。反応物はそのままilluminaのシーケンサーで読むことができ、タグを使って容易に再構成することが可能というもので、超並列型のilluminaシーケンサーの弱点を補完する技術になっています。


2MiSeq FGxForensic Genomics System  メーカー Illumina

法医学用途に特化したイルミナの次世代シーケンサーシステムが2位になりました。これは、微量のDNAからでもSNP解析(個人識別SNP,地理学的人種識別SNPなど)やSTRshort tandem repeat)解析を可能にするものです。従来のサンガーシーケンサーに対して、微量試料から包括的で精密な解析が可能になるとのことで、DNA鑑定の精度が飛躍的に向上するとされています。プラットフォームを謳っており、結果の解析ソフトまでが統合されたソリューションになっています。

3Ion S5 &Ion S5 XL メーカー Thermo Fisher Scientific

プロトンセンサーを用いた次世代シーケンサーIon torrent システムによるデスクトップタイプの装置です。従来よりもさらに高速化され、データ取得まで45分以内で完了するとのことです。


4On DemandDeletions in Human Hap1 Cells  メーカー Horizon Discovery

CRISPR/Cas9を使い、ヒトの一倍体細胞において任意の遺伝子を改変してくれるサービスです。一倍体なので、フェノタイプが一発で出るのが特徴。CRISPR/Cas9のアプリケーション拡大はすさまじい勢いで進んでいることを実感します。

 

5NanoLucBinary Interaction Technology メーカー Promega

海産エビ由来のルシフェラーゼを改変したNanoLucは低分子量かつ高輝度で話題になりましたが、それを18kDa1kDaに分割し、タンパク質の相互作用解析に利用できるようにしたものです。


6 CRISPREpigenetic Activator メーカー Sigma Aldrich

シグマといえばZnフィンガータンパクを用いたZFNというゲノム編集ツールを販売していましたが、高価でタンパク質自体をカスタムする必要があったため、CRISPR/Cas9の登場とともに一気に旧世代の編集ツールとなった感は否めません。そんなシグマが、CRISPRを活用したヒストンのアセチル化ツールを発売しました。目的の遺伝子周辺のヒストンをアセチル化し、トランスフェクション等よりもマイルドに、エピジェネティックなレベルで遺伝子を発現させることができるものです。

 

7Phenoptics メーカー PerkinElmer

近年、PD-1等の分子に注目したがんの免疫療法が成果を上げつつあり、研究が益々広がっていますが、そのニーズに対応すべくリリースされたのがPhenopticsです。この製品はがんの病理切片において、がんに集積した免疫細胞のフェノタイピングを行うもので、例えば、免疫療法に効果のあった患者とそうでない患者の腫瘍において、集積した免疫細胞の違いなどを解析することが可能になります。試薬と顕微鏡・スキャナー、解析ソフトがセットになった解析プラットフォームが構築されています。


8XFp CellEnergy Phenotype Test Kit メーカー Seahorse Bioscience 

培養細胞のミトコンドリアや解糖系におけるエネルギー産生をリアルタイムでアッセイするための試薬と装置のシステムです。ミトコンドリア病やがんなど細胞の代謝が変化する疾患の研究で用いられているようです。

 

9CelseePREP400 and Celsee ANALYZER メーカー  Celsee Diagnostics 

血液サンプルから血中循環腫瘍細胞(CTC)を自動で分離するセルソーターで、マイクロ流路を用い、物理的に分離することで、インタクトなCTCが得られるという装置です。

 

103D CellExplorer メーカー Nanolive SA 

スイスのベンチャー企業が開発したホログラフィック顕微鏡で、細胞構造の屈折率の違いをホログラフィとトモグラフィーの組み合わせにより可視化するものです。屈折率の違いを利用することで無染色で生きた細胞の3次元構造を可視化することができます。この時に、細胞内の各構造はデジタル染色で表現されるため、屈折率の違いの数だけ多重染色が可能になっています。

原理的に得られるデータは形態・構造の情報であり、分子を標識するわけでないので機能イメージングは難しいですが、それでも細胞分裂や分化、移動などの研究に活用できそうです。また、レーザー共焦点顕微鏡などに比べて、光源や光学系がシンプルで済むため、価格がかなり安価(22000ドル)というところも注目です。



 
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